Awal berdirinya Pesantren Buntet tidak dapat dilepaskan kaitannya dengan situasi politik, yaitu pada waktu pemerintah kolonial Belanda mulai menancapkan pengaruhnya di Kesultanan Cirebon, yang akhirnya membawa akibat kepemimpinan dan kewibawaan para sultan sebagai penguasa pribumi menjadi semakin mundur dan tidak akrab lagi
hubungannya dengan rakyat sebangsanya. Dalam situasi demikian, peran kepemimpinan sultan di kota menjadi lumpuh dan kemudian berpindah ke tangan para Kiyai yang tinggal, atau mengundurkan diri dari kota ke daerah pedesaan dengan perjuangan ideologisnya tidak mau bekerjasama dengan pemerintah kolonial. Prinsip ini pada dasarnya merupakan unsur ke arah terbentuknya pemikiran yang bersifat pra-politis yang menuju ke pembentukan gerakan nasional. Dengan kata lain, reaksi dari pada Kiyai terhadap politik kolonial merupakan suatu gerakan yang bersifat pra-nasional dari golongan elit agama.