Sejak tahun 2009, Balai Konservasi Borobudur (BKB) telah melaksanakan kajian konservasi tinggalan bawah air berbahan kayu (waterlogged wood). Metode konservasi waterlogged wood pada prinsipnya dibagi menjadi tiga yaitu metode impregnasi (impragnation), pengeringan beku (frezee drying) dan metode pengeringan alami terkendali. Salah satu cagar budaya bawah air yang telah dikonservasi dengan metode pengeringan alami adalah perahu kuno Indramayu, sehingga pada tahun 2011 BKB menjadikan perahu kuno Indramayu sebagai objek kajian dalam evaluasi metode pengeringan alami pada waterlogged wood. Adapun tujuan penulisan artikel ini adalah melaporkan hasil evaluasi metode pengeringan alami yang pernah dilakukan terhadap perahu kuno Indramayu. Evaluasi metode pengeringan alami perahu kuno Indramayu didasarkan pada data sejarah penyelamatan, pengangkatan dan tindakan konservasi yang pernah dilakukan, jenis-jenis kayu penyusun perahu serta kondisi perahu dan lingkungannya saat ini. Hasil evaluasi penanganan konservasi perahu kuno Indramayu menunjukan bahwa pemilihan metode pengeringan alami yang dilakukan tidak didasarkan pada kadar air kayu saat ditemukan. Saat pengeringan perahu kondisi lingkungan (suhu dan kelembapan udara) tidak terkendali dengan baik. Hal ini menyebabkan kadar air kayu turun sampai batas titik kering tanur (kadar air 0%) dan berdampak pada terjadinya pengkerutan pada kayu perahu. Kadar air material kayu perahu saat ini telah mencapai titik kesetimbangan, sehingga dalam penanganan lebih lanjut mengacu pada metode konservasi kayu di darat. Saran untuk menentukan pemilihan metode konservasi waterlogged wood berdasarkan hasil evaluasi tersebut antara lain: kadar air kayu harus diukur dengan cermat terlebih dahulu sebelum menentukan metode penanganan konservasi yang akan dilaksanakan. Metode pengeringan alami dapat diterapkan pada waterlogged wood yang kondisinya belum rusak, atau berada pada kelas III (kadar air di bawah 185%). Metode pengeringan alami pada waterlogged wood, dapat dilakukan dengan menjaga kadar air kayu tidak turun sampai di bawah batas titik jenuh serat melalui pengendalian kondisi lingkungan terutama suhu dan kelembaban udara.