Kotak Ekskavasi Manyarejo merupakan salah satu display yang disajikan oleh Museum Klaster Manyarejo bagi pengunjung untuk menampilkan proses penelitian ekskavasi yang dilakukan Balai Pelestarian Situs Manusia Purba Sangiran maupun instansi yang lain. Seiring berjalannya waktu kotak galian ini mengalami kerusakan. Sebagian besar tanah didalam kotak galian ditumbuhi semacam tumbuhan kecil (biodeterioration agent) berwarna hijau dan putih. Tim konservasi berusaha melakukan konservasi dengan berbagai percobaan bahan konservan. Diantaranya dengan menggunakan herbisida, larutan paraloid dan menggunakan garam. Penggunaan bahan konservan ini dicoba dengan berbagai macam konsetrasi sampai ditemukan konsentrasi optimal dari bahan konservan tersebut untuk membasmi biodeterioration agent. Herbsida jenis sidafos 480 SK yang dicampur dengan Ally Plus 77 WP dengan perbandingan 50 ml sidafos 480 SL dilarutkan dalam 300 ml air dan ditambahkan 1,5 sendok Ally Plus 77 WP ternyata memiliki efektifitas yang lebih tinggi dibandingkan dengan larutan paraloid 2% dan garam. Hal ini terlihat dari adanya perbedaan mortalitas lumut dari masing-masing area percobaan yang mana penyemprotan dengan herbsida sidafos 480 SL dan campuran Ally Plus 77 WP dengan konsentrasi ini menunjukkan mortalitas lumut tertinggi dibanding penyemprotan dengan kedua bahan lain.