Museum Kebangkitan Nasional berada pada sebuah komplek bangunan peninggalan kolonial Belanda yang pernah dipergunakan sebagai tempat pendidikan kedokteran “STOVIA” (School Tot Oplending Van Inlandsche Artsen) yaitu sekolah kedokteran bumi putera.
Awal berdirinya pendidikan kedokteran di Indonesia ini, ada kaitannya dengan pemberantasan berbagai penyakit menular (tipes, kolera, disentri dan lain-lain) yang tersebar di daerah Banyumas dan Purwokerto pada 1847. Wabah penyakit tersebut tidak dapat diberantas oleh tenaga medis pemerintahan Hindia Belanda yang jumlahnya terbatas, begitu juga dengan cara pengobatan yang telah ada pada waktu itu (tradisional), sehingga ada usul dari Kepala Jawatan Kesehatan waktu itu Dr. W. Bosch untuk mendidik beberapa anak Bumiputra menjadi pembantu dokter Belanda. Bulan Januari 1851 berdirilah Sekolah Dokter Djawa di Rumah Sakit Militer Weltevreden dengan masa pendidikan 2 tahun.