Museum Affandi yang terletak di jalan Solo Nomer 167, yaitu jalan utama yang menghubungkan kota Yogyakarta dan solo, ditepi barat sungai Gajahwong, letaknya sangat strategis sebagai salah satu kompleks museum Seri lukis di Yogyakarta. Kompleks moseum yang menempati tanah sekitar 3.500 m terdiri atas bangunan museum berserta bangunan pelengkapnya. dan bangunan rumah tinggal yang dahulu merupakan rumah tinggal pelukis Affandi dan keluarganya. Lahan yang berteras tidak menghambat Affandi dalam menciptakan tata letak bangunan beserta lingkungannya. Pembangunan kompleks museum ini dilakukan secara bertahap dan dirancang sendiri oleh Affandi.