Benteng ini dibangun oleh seorang laksamana wanita pertaama di Aceh yaitu Laksamana Keumalahayati, Pada era Sultan Alaidin Riwayat Syah Saidil Mukammil (1588-164). Nama Benteng Inong Balee yang berati pertahanan para wanita janda, (Wanita yang telah meninggal Suaminya), di mana pada saat itu banyak peejuang yang gugur di medan perang melawan penjajah termasuk suami keumalahayati sendiri.