Sebagai sebuah Museum khusus sejarah perjuangan terutama berkaitan dengan memorial Kebangkitan Nasional Bangsa Indonesia, Museum Perjuangan Yogyakarta (Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta Unit II) mengemban misi melestarikan nilai-nilai luhur kejuangan. Misi museum dijabarkan dalam tata pameran Museum Perjuangan Yogyakarta. Melalui tata pameran pengunjung diajak untuk berkomunikasi dengan masa lampau melalui benda-benda koleksi yang dipamerkan. lnteraksi pengunjung dengan tata pameran diharapkan dapat memberikan kesan memorial tersendiri tentang kebangkitan nasional sehingga dapat memberikan pemahaman sejarah di hati sanubari pengunjung museum.

Pada saat ini Museum Perjuangan selain memiliki tata pameran berkaitan dengan sejarah perjuangan juga terdapat tata pameran tentang sejarah persandian di Indonesia yang dikelola secara khusus oleh Lembaga Sandi Negara. Penyusunan buku Panduan Museum Perjuangan Yogyakarta ini bertujuan untuk membantu pengunjung museum dalam memahami sajian koleksi Museum Perjuangan Yogyakarta. lnformasi yang disajikan diharapkan dapat memenuhi kebutuhan masyarakat pada umumnya dan generasi muda khususnya agar memahami dan memanfaatkan museum sebagai sumber informasi terutama berkaitan dengan sejarah kebangkitan nasional dan kaitannya dengan masa sekarang.