Salah satu bagian di Museum Nasional yang mengelola koleksi adalah seksi Koleksi Prasejarah. Koleksi yang dikelolanya berupa artefak dan fosil yang berasal dari masa dimana manusia belum mengenal adanya tulisan. Koleksi prasejarah yang ada di museum ini merupakan materi peninggalan manusia yang menjadi sumber yang otentik dalam penyusunan sejarah kehidupan manusia. Yang sudah tentu menjadi mata rantai dalam usaha menggambarkan kembali kehidupan manusia melalui bekas materi, yang pernah memainkan peranan penting dalam penghidupannya.
Koleksi arkeologi pada umumnya dimasukkan ke dalam kategori jaman Indonesia kuna. Jaman ini dimulai dengan kedatangan pengaruh budaya India di kepulauan Indonesia sampai berakhirnya kekuasaan kerajaan Majapahit.